摘要：Å3的催化腔。在肽降解过程中，只有当两个结构域分开时才能发生底物结合，从而允许游离靶向肽进入并结合到空腔（活性位点）。酶底物复合物由几种非共价作用力维持：疏水和极性相互作用。该过程受到肽的大小的限制。因此，只有体积大致相同（约3,000 Å3）的肽才能被酶降解。可被切割的肽为8至23个氨基酸残基。。...Å3的催化腔。在肽降解过程中，只有当两个结构域分开时才能发生底物结合，从而允许游离靶向肽进入并结合到空腔（活性位点）。酶底物复合物由几种非共价作用力维持：疏水和极性相互作用。该过程受到肽的大小的限制。因此，只有体积大致相同（约3,000 Å3）的肽才能被酶降解。可被切割的肽为8至23个氨基酸残基。。
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ISBN 978-0-12-181955-2. PMID 156853. doi:10.1016/0076-6879(79)55060-5. Lambert AJ, Brand MD. Inhibitors of the quinone-binding site allow rapid superoxide production。
I S B N 9 7 8 - 0 - 1 2 - 1 8 1 9 5 5 - 2 . P M I D 1 5 6 8 5 3 . d o i : 1 0 . 1 0 1 6 / 0 0 7 6 - 6 8 7 9 ( 7 9 ) 5 5 0 6 0 - 5 . L a m b e r t A J , B r a n d M D . I n h i b i t o r s o f t h e q u i n o n e - b i n d i n g s i t e a l l o w r a p i d s u p e r o x i d e p r o d u c t i o n 。
该酶倾向于以开放构象存在，具有短时间的闭合和催化作用，这允许底物和产物通过结合位点快速扩散； PGK 的开放构象由于结构域闭合时蛋白质疏水区域的暴露而更加构象稳定。 镁离子通常与 PGK 的核苷酸底物磷酸基团络合。 众所周知，在没有镁的情况下，不会发生酶活性。 二价金属协助酶配体屏蔽结合的磷酸基团的负电荷，从而发生亲核攻。
and Applied Mathematics). 16 May 2000, 33 (4). 外部链接存在于|title= (帮助) Cole AJ, Davie AJT. A game based on the Euclidean algorithm and a winning strategy。
鈹原子的电子排布为[He] 2s2。由於有两个价电子，所以鈹几乎永远以+2氧化態形成两个共价键。+1態较罕见，如须在高温下制备、在低温下会歧化的一氯化鈹。根据八隅体规则，原子会尽量达到8价状態，使电子排布接近稀有气体元素。鈹在形成两个共价键后会有4个价电子，即八隅体的一半，所以鈹的配位数为4。这一配位数使氟化鈹和氯化鈹等鈹化合物能够形成聚合物。。
在生物化学和分子生物学中，结合位点是大分子（如蛋白质）上的一个区域，它与另一个具有特异性的分子结合。大分子的结合伙伴通常被称为配体。配体可以包括其他蛋白质（导致蛋白质交互作用）、酶底物、第二信使、激素或变构调节剂。结合事件经常，但并不总是伴随着构象变化，从而改变蛋白质的功能。与蛋白质结合位点的结合通常是可逆的（瞬时和非共价），但也可以是共价可逆或不可逆的。。
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一种抑制剂的结合可以阻止底物进入酶的活性位点和/或阻止酶催化其反应。 抑制剂结合是可逆的或不可逆的。 不可逆抑制剂通常与酶反应并化学改变（例如通过共价键形成）。 这些抑制剂修饰酶活性所需的关键氨基酸残基。 相反，可逆抑制剂非共价结合，并且取决于这些抑制剂是否与酶，和/或酶－底复合物或两者结合，产生不同类型的抑制。。
，这是多萝西·林奇（英语：Dorothy Maud Wrinch）在20世纪30年代基于三个假设提出的。首先，该假设假设两个肽键由Cyclol反应交联而成（图1），这些交联键是共价的肽的同系物之间的氢键，而非“共价键”。这些反应已被发现存在于麦角肽和其他化合物中。第二，该假设提出在某些条件下，氨基酸会自然地在最大数量上进行Cy。
价加合物，作为带电物质被困在圆盘内，进入细胞质表面。一旦运输，ATR被还原为维生素A，然后转移到视网膜色素上皮，再循环成11-顺式视黄醛。这种ABCA4的交替访问-释放模型有四个步骤：(1)三磷酸腺苷与NBD的结合，将两个NBD结合在一起，并暴露位于TMD的外前庭高亲和力结合位。
一些酶利用如磷酸吡哆醛（PLP）或硫胺素焦磷酸（TPP）之类的非氨基酸辅因子与反应物分子间反应形成共价中间产物。这样为降低后面反应过渡态能量而形成的共价中间产物在功能上与反应物与活性位点中的氨基酸残基形成共价中间产物是一样的，都是为了达到稳定；而所不同的是辅因子有着允许带着产物离开酶之功能然而氨基酸侧链。
1972-03-01, 236 (61): 11–12. PMID 4502419. doi:10.1038/newbio236011a0. Verkleij AJ, Zwaal RF, Roelofsen B, Comfurius P, Kastelijn D, van Deenen LL. The asymmetric。
价阳离子，通常是锌，可以激活水分子。金属离子由氨基酸配体固定，通常为三个。已知的金属配体是组氨酸、谷氨酸、天门冬氨酸或赖氨酸，催化需要至少一个其他残基，这可能发挥亲电作用。在已知的金属蛋白酶中，大约一半含有HEXXH基序，晶体学研究表明该基序形成金属结合位。
Bonner TI, Neubig RR, Rosser EM, Pin JP, Davenport AP, Spedding M, Harmar AJ. International Union of Pharmacology. XLVI. G protein-coupled receptor list。
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位点。当JmjC使用多个辅助因子使甲基团羟基化时，发生了反甲基化，由此除去甲基。JmjC能够对单、双和三甲基化底物进行脱甲基。 染色体区域能够采用稳定的和可遗传的二选一的状态导致无DNA序列变化的双稳态的基因表达。表观遗传控制经常与非正统的组蛋白共价。
用Asp-His-Cys三联体进行共价催化，在两个桶之间分开（β1上的Asp与β2上的His和Cys）。底物保持为β折迭，与桶之间的裂缝形成反平行相互作用，并与C端形成平行相互作用。因此，酶在底物周围形成结合隧道，侧链相互作用控制特异性。 优选的天然切割序列首先通过检查天然多蛋白底物中的切割位点的重复序列来鉴定。这些天然切割位。
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催化三联体，又称催化金三角，通常指在水解酶和转移酶的活性位点中心同时作用的三个氨基酸残基（如蛋白酶、酰胺酶、酯酶、酰基转移酶、脂酶和β-内酰胺酶）。用于共价催化的亲核残基一般是酸-碱-亲核三联体。残基会形成一个电荷中继网络，以极化和活化亲核试剂，来进攻底物形成共价中间体，然后中间体水解，再生出游离的酶。亲核试。
过渡金属卡宾配合物（英语：Transition metal carbene complex），是一种含有二价卡宾配体与过渡金属中心的有机金属化合物，可用通式LnM=CR2表示。它仅在形式上含有M=C双键，而非是一个卡宾，并且没有卡宾般活泼的反应性。过渡金属卡宾配合物是许多有机化学反应的中间体，如烯。
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